Οι καθαροί ως μεσαιωνική αίρεση εμφανίστηκαν το 12ο αιώνα και εξαπλώθηκαν γρήγορα κυρίως στα κατώτερα κοινωνικά στρώματα, γιατί είχαν απέναντί τους άπληστους ευγενείς, διεφθαρμένους βασιλείς και φεουδάρχες και κυρίως μια εκκλησιαστική ιεραρχία πλούσια και εξαγορασμένη. Η εκκλησία των καθαρών περιελάμβανε δύο ομάδες: τους πιστούς (λαός) και τους τέλειους (ιερείς). Κύρια στοιχεία της διδασκαλίας τους, όπως άλλωστε και του επίσημου χριστιανισμού, με ορισμένες βέβαια παραλλαγές, ήταν το δυιστικό κοσμοείδωλο και η εσχατολογία. Η δυϊστική αντίληψη είναι κληροδοτημένη, όπως επισημαίνει ο J. Gray, από τους Πέρσες προφήτες Ζωροάστρη και Μάνη και πρεσβεύει ότι η ζωή είναι μια μάχη μεταξύ φωτός και σκότους, καλού (θεός- πνεύμα) και κακού (σατανάς- ύλη). Η εσχατολογική δε διάσταση είναι η πεποίθηση ότι η ανθρωπότητα ζει τις έσχατες μέρες της και ένας νέος τέλειος κόσμος θα αναδυθεί μέσα από την καταστροφή του παλιού. Επειδή όμως το κακό υπάρχει μέσα σε κάθε ανθρώπινη ψυχή, από τότε που ο άνθρωπος εκδιώχθηκε από τον παράδεισο, αυτό δεν μπορεί να ηττηθεί στον παρόντα αλλά σε ένα άλλο κόσμο (ουράνιο παράδεισο).
Εμφανίστηκαν αρχικά σε μία περιοχή της νοτιοανατολικής Γαλλίας κοντά στην Τουλούζ και εικάζεται ότι ήταν φυσική συνέχεια των Παυλικιανων της Αρμενίας και των Βογόμιλων, όπως επίσης φαίνεται ότι επηρεάστηκαν και από τον μανιχαϊσμό. Περί το 1150 διάφοροι ευγενείς που επέστρεψαν από τη δεύτερη σταυροφορία εισήγαγαν στην Ευρώπη την αίρεση των Καθαρών, η οποία βρήκε πολλούς υποστηρικτές στη νότια Γαλλία και, ιδιαίτερα, στο Λάνγκεντοκ (Languedoc) και την περιοχή του Αλμπί (Albi), από όπου πήρε και το όνομά της ένα παρακλάδι της αίρεσης αυτής, οι Αλβιγήνοι ή Αλβίγιοι ή Αλβιγαίοι (Albigeois). Μετά τον Αλβιγηνικό πόλεμο (1208-1244), στη διάρκεια του οποίου οι δυνάμεις του πάπα εισέβαλαν στην επαρχία της Γαλλίας Λάνγκντοκ, θανατώθηκαν χιλιάδες Καθαροί – όταν ο παπικός εκπρόσωπος ρωτήθηκε από τους στρατιώτες πώς θα ξεχώριζαν τους Καθαρούς, αυτός απάντησε: «Σκοτώστε τους όλους, ο θεός θα αναγνωρίσει τους δικούς Του». Τελικά η πρωτεύουσά τους, το φρούριο Μονσεγκιρ, καταλήφθηκε, η Ιερά Εξέταση τους καταδίωξε και ήδη από τις αρχές του 14ου αιώνα εξαφανίστηκαν. Το μόνο κείμενο των Καθαρών που διασώθηκε μέχρι τις μέρες μας είναι ένα τελετουργικό γραμμένο σε μια ρωμανική διάλεκτο του Troubadours
Οι Καθαροί ασχολούνταν με φιλανθρωπίες, ιδρύοντας άσυλα και σχολεία. Για τους Καθαρούς η αμαρτία δεν ήταν τίποτε άλλο παρά η αγάπη για τον κόσμο των ορατών. Aπαγορευόταν ν’ αποκτούν πλούτη, να εμπορεύονται για κερδοσκοπικούς λόγους, να λένε ψέμματα για το συμφέρον, να πολεμούν, να σκοτώνουν ζώα εκτός από ερπετά, και να τρώνε κρέας και γάλα. Καταδίκαζαν τον γάμο και την τεκνοποίηση. Συνέβαινε δε πολλές φορές να χωρίζουν ζευγάρια με κοινή συμφωνία, για να φτάσουν σε μια μεγαλύτερη τελειότητα.
Η διδασκαλία τους βασιζόταν στην Καινή Διαθήκη και στο απόκρυφο Ευαγγέλιο του Ιωάννη, ενώ η θέαση του κόσμου ήταν κατεξοχήν μανιχαϊστική .Οι Μανιχαίοι ήταν οπαδοί του αυτοαποκαλούμενου προφήτη Μάνη, ο οποίος πίστευε ότι το σύμπαν ελέγχεται από δύο ανταγωνιστικές δυνάμεις του Καλού και του Κακού. Χωρίζονταν σε δύο ομάδες: τους Πιστούς, που αποτελούσαν και τη μεγάλη μάζα, και τους Τέλειους, τους ιερουργούς, οι οποίοι απείχαν, μεταξύ άλλων, και από τη συνουσία. Πίστευαν ότι η επιφοίτηση του Αγίου Πνεύματος γινόταν μέσω των χεριών, με την επαφή. Δεν παραδέχονταν τη θεϊκή υπόσταση του Ιησού, ενώ το σώμα του, όπως και αυτό της Παναγίας, ήταν για τους οπαδούς της αίρεσης ένα φάσμα. Πρέσβευαν ότι ο άνθρωπος, επειδή αποτελείται από ψυχή και σώμα, μετείχε και στις δύο αρχές, του Καλού και του Κακού. Επομένως, για να σωθεί έπρεπε να απελευθερωθεί από την επίδραση που ασκούσε το βάρος του υλικού μέρους του. Οι ιερείς των ονομάζονταν Τέλειοι (Parfaits), ζούσαν μοναχικό και ιδιαίτερα λιτό βίο και οι πιστοί της αίρεσης πίστευαν ότι, προς το τέλος της ζωής των, όφειλαν να ζητήσουν άφεση αμαρτιών, κάτι που πραγματοποιείτο με μία επίθεση των χειρών των ιερέων των επί αυτών, γνωστή ως Παρηγορία (Consolamentum).
Δεν ζητούσαν από όλους μια τόσο ενάρετη ζωή. Μόνον οι «τέλειοι» ζούσαν μ’ έναν αυστηρό ασκητισμό, ενώ οι «πιστεύοντες» είχαν μια πιο μέτρια ηθική και μπορούσαν να συνεχίσουν τον κανονικό ρυθμό ζωής τους. Έμεναν δεμένοι με την αίρεση όμως, αφού είχαν παρακολουθήσει έναν ορισμένο αριθμό τελετών.Οι Καθαροί είχαν δική τους ιεραρχία η οποία περιλάμβανε τέσσερις βαθμούς: τον επίσκοπο, τον μεγάλο γυιο, τον μικρό γυιο και τον διάκονο. Οι επίσκοποι, που εκλέγονταν από τους «τέλειους», επισκέπτονταν συχνά τις περιοχές της επισκοπής τους διευθύνοντας το παρηγορητικό έργο και φροντίζοντας τους αρρώστους. Τον επίσκοπο βοηθούσαν δύο διάκονοι: ο μεγάλος γυιος και ο μικρός γυιος. Πριν πεθάνει ζητούσε να τον διαδεχτεί ο «πρωτότοκος διάκονος», τον οποίο έχριζε ακουμπώντας του τα χέρια πάνω στο κεφάλι. Σε πολλές περιπτώσεις, όταν έλειπε ο επίσκοπος ή ο διάκονος, ένας απλός πιστός ή ακόμη και μια Καθαρή μπορούσε να τελέσει ιεροπραξίες.
Σύμφωνα με την θεωρία του απολύτου δυαδισμού, ο καλός Θεός έπλασε μόνο πνευματικά πλάσματα, αγνά και αόρατα, ενώ η ύλη και ο κόσμος των ορατών ήταν δημιουργήματα του κακού Θεού. Αυτός ο τελευταίος επίσης έχοντας μπει στον ουράνιο κόσμο, έπεισε μερικά πνεύματα να κατεβούν στην γη, ντύνοντάς τα με σάρκα και οστά, καθώς και με αισθήσεις. Αυτό έγινε βέβαια χωρίς την άδεια του καλού πνεύματος, που με αυτό τον τρόπο τιμώρησε τους αμαρτωλού; Αγγέλους. Κατά συνέπεια, η γη είναι το μέρος της τιμωρίας, και οι ψυχές αφού εξιλεωθούν είναι προορισμένες να ανέβουν πάλι στον ουρανό. Με σκοπό να γίνει μικρότερη η τιμωρία τους, έστειλε στην Γη τον Χριστό (υιό του καλού Θεού). Το σώμα του όμως δεν ήταν αληθινό, γιατί θα ήταν παράλογο να σκεφθεί κανείς ότι θέλησε να ντυθεί με μια μορφή δημιουργίας που είναι έργο του κακού (όπως δηλαδή είναι το ανθρώπινο σώμα). Ακόμη και τα έργα του Χριστού στην γη δεν ήταν τίποτε άλλο από φανταστικές εμφανίσεις. Ανήγγειλε μόνο στους ανθρώπους την αληθινή τους φύση και τους έδειξε τον δρόμο για να ξαναγυρίσουν στον ουρανό. Για να κατακτήσει κανείς την ελευθερία, θα πρέπει να μπει στην εκκλησία των Καθαρών, δηλαδή των «Αγνών». Οι ψυχές που δεν έχουν εξαγνισθεί, πριν απ’ τον θάνατό τους θα περάσουν σε άλλες μορφές μετεμψυχώσεως, μέχρι να γίνουν ικανές να γνωρίσουν την αλήθεια. Ο Ιωάννης από το Λούτζο, σπουδαίος δάσκαλος των Καθαρών του 13ου αιώνα, υποστήριζε ότι ο αγώνας ανάμεσα στον κόσμο του πνεύματος και στον κόσμο της ύλης είναι συνεχής και ακατάπαυστος. Έλεγε επίσης ότι ο Θεός του Κακού προσελκύει πάντοτε ψυχές στην γη, κι έτσι εξηγείται η συνεχής ύπαρξη της ανθρωπότητος.
Η θεωρία του μέτριου δυαδισμού που υποστήριζε ότι όλες οι υπάρξεις είναι δημιούργημα ενός μοναδικού Θεού, πρότεινε μια μυθολογική εξήγηση για την συνύπαρξη του καλού και του κακού. Ο Θεός είχε δύο γιους. Τον πρωτότοκο Σαταναέλ και τον δευτερότοκο Ιησού. Ο Σαταναέλ είχε την διακυβέρνηση του ουρανού και την εξουσία της δημιουργίας. Τυφλωμένος όμως από την υπερηφάνεια επαναστάτησε μαζί με άλλα πνεύματα ενάντια στον πατέρα Θεό. Διωγμένος από τον ουρανό έφτιαξε τον άντρα και την γυναίκα. Αφού ο άντρας αποπλάνησε την γυναίκα, αυτή η τελευταία γέννησε τον Κάϊν. Ο πατέρας Θεός όμως για να μην επιτρέψει να γίνει απεριόριστη η εξουσία του Σαταναέλ στην γη, έδωσε στον άνθρωπο την ψυχή. Αυτή πάλι από την φύση της τείνει συνέχεια ν’ ανεβεί στον ουρανό, αλλά ο Σαταναέλ την κρατάει κάτω στην γη. Ο Ιησούς όμως κατέβηκε στη γη για να ξεκουράσει τον άνθρωπο σ’ αυτή του την πορεία προς τον ουρανό. Μπήκε στο αυτί της Παρθένας με την μορφή μιας φωτεινής αχτίδας και βγήκε από μέσα της ντυμένος με ανθρώπινη μορφή. Με τον ερχομό του Ιησού στην γη ο Σαταναέλ έχασε την διακυβέρνηση του κόσμου, δεν έχασε όμως την δύναμη να κάνει κακό. Παρ’ όλα αυτά χάρη στο έργο του λυτρωμού του Χριστού, όλες οι πνευματικές υπάρξεις και ανάμεσα σε αυτές και ο ίδιος ο Σαταναέλ, έχουν την δυνατότητα να υψωθούν και να φτάσουν στον ουράνιο Πατέρα.
Η θεωρία του μέτριου δυαδισμού που υποστήριζε ότι όλες οι υπάρξεις είναι δημιούργημα ενός μοναδικού Θεού, πρότεινε μια μυθολογική εξήγηση για την συνύπαρξη του καλού και του κακού. Ο Θεός είχε δύο γιους. Τον πρωτότοκο Σαταναέλ και τον δευτερότοκο Ιησού. Ο Σαταναέλ είχε την διακυβέρνηση του ουρανού και την εξουσία της δημιουργίας. Τυφλωμένος όμως από την υπερηφάνεια επαναστάτησε μαζί με άλλα πνεύματα ενάντια στον πατέρα Θεό. Διωγμένος από τον ουρανό έφτιαξε τον άντρα και την γυναίκα. Αφού ο άντρας αποπλάνησε την γυναίκα, αυτή η τελευταία γέννησε τον Κάϊν. Ο πατέρας Θεός όμως για να μην επιτρέψει να γίνει απεριόριστη η εξουσία του Σαταναέλ στην γη, έδωσε στον άνθρωπο την ψυχή. Αυτή πάλι από την φύση της τείνει συνέχεια ν’ ανεβεί στον ουρανό, αλλά ο Σαταναέλ την κρατάει κάτω στην γη. Ο Ιησούς όμως κατέβηκε στη γη για να ξεκουράσει τον άνθρωπο σ’ αυτή του την πορεία προς τον ουρανό. Μπήκε στο αυτί της Παρθένας με την μορφή μιας φωτεινής αχτίδας και βγήκε από μέσα της ντυμένος με ανθρώπινη μορφή. Με τον ερχομό του Ιησού στην γη ο Σαταναέλ έχασε την διακυβέρνηση του κόσμου, δεν έχασε όμως την δύναμη να κάνει κακό. Παρ’ όλα αυτά χάρη στο έργο του λυτρωμού του Χριστού, όλες οι πνευματικές υπάρξεις και ανάμεσα σε αυτές και ο ίδιος ο Σαταναέλ, έχουν την δυνατότητα να υψωθούν και να φτάσουν στον ουράνιο Πατέρα.
Τα μυστήρια που τελούσαν ήταν τρία: Η Θεία Ευχαριστία, η Εξομολόγηση και το μυστήριο της Παρηγοριάς. Το μυστήριο της Θείας Ευχαριστίας γινόταν κάθε μέρα στην λειτουργία, όταν ο μεγαλύτερος απ’ τους προσκαλεσμένους έκοβε το ψωμί του μυστικού δείπνου. Η μυσταγωγία αυτή γινόταν με μεγαλύτερη επισημότητα τις μέρες των εορτών. Η εξομολόγηση γινόταν ομαδικά, και ο μεγαλύτερος απ’ όλους τραγουδούσε ένα μικρό κομματάκι. Δινόταν η συγχώρεση στον αμαρτωλό και του έβαζαν το Ευαγγέλιο στο κεφάλι.
Οι Καθαροί πρότειναν έναν αυστηρό ασκητισμό, ο οποίος μερικές φορές οδηγούσε σε θάνατο από πείνα, και πίστευαν ότι η σωτηρία από το κακό μπορούσε να επιτευχθεί μόνο με την απομάκρυνση από τον υλικό κόσμο. Αποκήρυσσαν το γάμο και την ιδιοκτησία και ήταν οπαδοί της αυστηρής χορτοφαγίας. Όλοι οι Καθαροί δέχονταν ότι ο διάβολος ήταν ο δημιουργός της υλικής υπόστασης του ανθρώπου. Το δε σώμα το θεωρούσαν ως φυλακή ενός ουράνιου στοιχείου, αρχικά ενός αγγέλου αλλά στην συνέχεια συγκατένευσαν στην ύπαρξη θεϊκής ψυχής: Επίσης ότι ο διάβολος μορφοποίησε το σώμα του πρώτου ανθρώπου και σ’ αυτό φυλάκισε έναν άγγελο, ο οποίος είχε ελαφρώς αμαρτήσει. Επίσης, ότι ο διάβολος με τους αγγέλους του ανέβηκε στον ουρανό, κι εκεί, αφού έκανε πόλεμο με τον αρχάγγελο Μιχαήλ και τους αγγέλους του καλού θεού, απέσπασε το ένα τρίτο από τα πλάσματα, που δημιουργήθηκαν από τον θεό. Αυτά τα εμφυτεύει καθημερινά στα ανθρώπινα σώματα και σε αυτά των κατώτερων ζώων, και επίσης τα μεταφέρει από το ένα σώμα στο άλλο μέχρι την στιγμή που θα επιστρέψουν στον ουρανό. Σύμφωνα με αυτούς τους αιρετικούς, τα πλάσματα, που δημιουργήθηκαν από τον θεό, ονομάζονται άνθρωποι του θεού, ψυχές, πρόβατα του Ισραήλ και με άλλα ονόματα.Μετά τη βίαιη διάλυση των Καθαρών δεν ξανάγινε καμιά αναφορά σε αυτούς, παρά την κατά καιρούς εμφάνιση διαφόρων ομάδων που διεκδικούσαν την κληρονομιά της αίρεσης-σέκτας.