Τον αποκαλούν και «Σκοτεινό Φιλόσοφο», λόγω της έλλειψης γνώσης για το σύνολο του έργου του, καθώς λίγα είναι αυτά που έχουν διασωθεί, αλλά και για τον αινιγματικό χαρακτήρα που χαρακτηρίζει τη φιλοσοφία του: Ο Ηράκλειτος είναι ένας από τους σημαντικότερους προσωκρατικούς φιλοσόφους, ο οποίος έζησε τον 5ο με 6ο π.Χ αιώνα στην Έφεσο της Ιωνίας. Ο Ηράκλειτος αποτέλεσε ορόσημο για την ιστορία της σκέψης και των ιδεών. Δύστροπος και στρυφνός στον λόγο του, έγραφε αποκλειστικά για μυημένους στη φιλοσοφία, γι’ αυτό και η εσκεμμένη ασάφεια της σκέψης του, ώστε να γίνει κατανοητή δηλαδή μόνο από ικανούς και τριμμένους στον λόγο.Ό,τι σώθηκε, σώθηκε ως σπάραγμα στο έργο των μεταγενεστέρων, αν και όσα απέμειναν από τη σκέψη του ήταν αρκετά ώστε να αναγκάσουν ακόμα και τον μέγα διαλεκτικό Σωκράτη να αναγνωρίσει πως «αυτά που κατάλαβα είναι σπουδαία, νομίζω όμως ότι είναι εξίσου σπουδαία και αυτά που δεν μπόρεσα να καταλάβω.Σε μας έφτασαν μερικές αποσπασματικές σκέψεις και ρητά (κάπου 111 αυθεντικά και μερικά ακόμη αμφισβητούμενα), τα οποία παραμένουν αποφασιστικής σημασίας για την ιστορία των ιδεών. Χωρίς ακριβείς αποδείξεις αλλά με σύντομους και «χτυπητούς» αφορισμούς, σαν χρησμούς δηλαδή, ο Ηράκλειτος ξεπέρασε την εποχή του, αν και δεν ξεπεράστηκε από καμιά εποχή.
Γνωστός για την ιδέα της συνεχούς αλλαγής που διέπει το σύμπαν (τα πάντα ρει), πίστευε ότι ο κόσμος δημιουργείται από τη «φωτιά», την αντίθεση και τον πόλεμο μεταξύ των αντιθέτων, αποτελεί εξέχουσα προσωπικότητα μεταξύ των αρχαίων Ελλήνων φιλοσόφων- οι διδασκαλίες των οποίων αποκτούν ιδιαίτερη σημασία και ενδιαφέρον, εν μέσω της κοινωνικής, πολιτικής και οικονομικής κρίσης που περνά η σημερινή ελληνική κοινωνία. Η κύρια πηγή για την ζωή του Ηρακλείτου είναι ο Διογένης ο Λαέρτιος. Ο Ηράκλειτος θεωρείται πως γεννήθηκε από μια αριστοκρατική οικογένεια στην Έφεσο, κατά το 544 π.Χ, και ο θάνατός του εικάζεται πως έλαβε χώρα το 484 π.Χ.. Πατέρας του αναφέρεται ο Βλύσων (ή Βλόσων) ή Ηράκων. Ο Διογένης αναφέρει ότι ο Ηράκλειτος παραιτήθηκε της βασιλείας για χάρη του αδερφού του. Ο Ηράκλειτος φαίνεται να μην υπήρξε κανενός άλλου μαθητής και ο ίδιος υποστήριζε πως είχε μάθει τα πάντα από τον εαυτό του. Από τα διασωθέντα αποσπάσματα του έργου του είναι πάντως σαφές πως ήταν πολυμαθής και γνώριζε καλά τα συγγράμματα των προγενέστερων φιλοσόφων και των συγχρόνων του, αλλά και των επικών και ελεγειακών ποιητών καθώς και όλες τις ιστορικές συγγραφές που κυκλοφορούσαν στην εποχή του.Ο αριστοκρατικής καταγωγής Ηράκλειος ήταν όμως αντίπαλος τόσο της δημοκρατίας όσο και της τυραννίας και πρέπει να πήρε ενεργό μέρος στους πολιτικούς αγώνες της πατρίδας του. Τάχθηκε φυσικά στο πλευρό των αριστοκρατών και καταδίκασε την αρχή της ισότητας, αν και αυτά τα επιγραμματικά δεν αποκαλύπτουν την έκταση και το μέγεθος της σχέσης του με τη δημοκρατία. Ως απόγονος του Ανδρόκλου και μέλος της αριστοκρατίας, πρέπει να πήρε μέρος στα κοινά της πόλης κατά τα κρίσιμα χρόνια της αλλαγής του πολιτεύματος. Ο φίλος του ο Ερμόδωρος, τον οποίο θεωρούσε ο φιλόσοφος αξιότερο όλων να ηγηθεί της νεοσύστατης δημοκρατίας, εξορίζεται από την Έφεσο και ο Ηράκλειτος κόβει αιφνίδια τους δεσμούς του με την πόλη και τους κατοίκους της, κατηγορώντας τους για οχλοκρατία.
Τώρα καταφεύγει στα βουνά και τρέφεται με χόρτα και βοτάνια, αρρωσταίνει όμως και μάλιστα βαριά. Στην εποχή του φαίνεται να πάσχει από υδρωπικία, που εκδηλώνεται με οίδημα στην κοιλιακή χώρα, σήμερα όμως γνωρίζουμε πως πρέπει να ήταν ηπατοπάθεια, η οποία οφειλόταν πιθανώς στην ασιτία και τη μη πρόσληψη πρωτεϊνών, καθώς ζούσε σαν απομονωμένος ασκητής στα βουνά. Όταν επιστρέφει στην Έφεσο υποσιτισμένος και σε κακή κατάσταση, κατηγορεί τους αφιλοσόφητους γιατρούς και προσπαθεί να θεραπεύσει μόνος του τον εαυτό του. Ο θάνατός του επίκειται και ο ίδιος πρέπει να έχει συνείδηση αυτού. Ο Διογένης ο Λαέρτιος μάς μεταφέρει διάφορες μυθολογικές εκδοχές του θανάτου του, η πραγματικότητα ωστόσο μάς διαφεύγει. Δεν αποκλείεται πάντως καθόλου να προσπάθησε να αυτοθεραπευτεί ο φιλόσοφος στη βάση της «θερμοδυναμικής» πεποίθησής του για το πυρ το αείζωο, βάζοντας θερμά επιθέματα στην πρησμένη κοιλιά του για να μη σωθεί η εσωτερική φωτιά του. Όταν τον βρήκαν νεκρό στο βουνό του (ή σε βουστάσιο, κατά μία εκδοχή), είπαν πως ήταν σκεπασμένος με κοπριά που την είχε βάλει επάνω του για να ζεσταθεί. Άλλοι πάλι είπαν πως τον βρήκαν με τις σάρκες σκισμένες, βορά στα άγρια θηρία. Κάποιοι τέλος υπαινίχθηκαν πως ήταν σκεπασμένος με άμμο.Σκοτεινός στον θάνατο όσο και τη ζωή του, ο αινιγματικός Ηράκλειτος δεν θέλησε να γίνει σαφής ούτε για να σωθεί από τον χαμό. Όταν κατέβηκε στην πόλη ψάχνοντας θεραπεία για την πάθησή του, ρωτούσε σιβυλλικά τους γιατρούς αν μπορούσαν μετά τη βροχή να δημιουργήσουν ξηρασία! Σκοτεινός ήταν όμως και για το έργο του, το οποίο χάθηκε βέβαια και ό,τι διασώζεται γίνεται μέσω βραχύλογων αποσπασμάτων και αναφορών άλλων φιλοσόφων. Ενδεχομένως η εσκεμμένη ασάφεια να οφείλεται απλώς στο γεγονός πως το βιβλίο του γράφτηκε στην ιωνική διάλεκτο, με αποτέλεσμα να δημιουργούνται πολυάριθμα γραμματικά ζητήματα, παρατήρηση που είχε επισημάνει ήδη ο Αριστοτέλης. Στα χρόνια του έλεγαν πάντως πως το αινιγματικό του ύφος ήταν ηθελημένο, μιας και ήθελε να γίνεται αντιληπτός μόνο από τους μυημένους στη φιλοσοφία.
Ο Ηράκλειτος θεωρεί τον κόσμο, ως ενιαίο όλο που ούτε γεννήθηκε ούτε θα χαθεί ποτέ. Η ουσία του κόσμου είναι γι’ αυτόν μια νοητική αρχή, ο Λόγος, και ο καθολικός κοσμικός νόμος η αδιάκοπη αλλαγή, σε πείσμα της ακινησίας του όντος των Ελεατών. Ταυτοχρόνως, είναι ακραία ορθολογιστής («κακοί μάρτυρες ανθρώποισιν οφθαλμοί και ώτα») και η λογική στον Ηράκλειτο απομακρύνεται άρδην από μεταφυσικές ιδέες και ιδεαλιστικές αντιλήψεις. Όλα στον κόσμο γίνονται λογικά, σύμφωνα με έναν αυστηρό νόμο συμπαντικής αλλαγής, άσχετα αν δεν το αισθάνονται οι άνθρωποι. Ο Λόγος είναι λοιπόν ο κοσμικός νόμος και το ανθρώπινο λογικό είναι ένα κομμάτι του, μια συνέπεια του κοσμικού Λόγου. Οι άνθρωποι γίνονται λογικοί παίρνοντας μέρος σε αυτόν. Η θεότητα είναι ενδοκοσμικός νους, που δημιουργεί τη Φύση, την ιστορία, τη θρησκεία, το δίκαιο, την ηθικότητα κ.λπ. Όσο για την πρώτη ύλη του κόσμου, η φωτιά, η θερμότητα, που είναι το πρώτο ευκίνητο στοιχείο μέσα στη Φύση. Το πέρασμα από την πρώτη αυτή ύλη σε όλες τις άλλες (αέρα, νερό, χώμα) δεν είναι παρά μια διαρκής εναλλαγή της φωτιάς, μια αιώνια κίνηση του πυρός που σβήνει και ξανανάβει. Ο πόλεμος (η πάλη) των στοιχείων («πόλεμος πάντων πατήρ»), η περιβόητη «εναντιοδρομία» του, έχει κίνητρο αλλά και επίκεντρο το πυρ. Περίσσευμα θερμότητας σημαίνει περίσσευμα κίνησης και περίσσευμα ψυχρού σημαίνει ακινησία και θάνατο. Ο κόσμος κατά τον Ηράκλειτο δεν δημιουργήθηκε από κανέναν («κόσμος τόνδε, τον αυτόν απάντων, ούτε τις θεών, ούτε ανθρώπων εποίησεν, αλλ’ ην αεί και έστιν και έσται πυρ αείζωτον»). Γι’ αυτό και θεωρείται σήμερα υλιστής φιλόσοφος αλλά και πρόδρομος του εγελιανού διαλεκτικού υλισμού (από την αντίληψή του για τη σχετική κίνηση και εξέλιξη του κόσμου αλλά και την ένωση των αντιθέτων). Αρχή του κόσμου είναι το αιώνιο γίγνεσθαι: «Tον κόσμο τούτο, ίδιον για όλους, δεν τον δημιούργησε ούτε θεός ούτε άνθρωπος, αλλά ήτανε πάντα, είναι και θα είναι αείζωη φωτιά, που σύμφωνα με νόμους ανάβει και σβήνει». Και παρά την πολλαπλότητά του, ο κόσμος είναι ένας: «Tο παν είναι διαιρετό αδιαίρετο, γεννημένο αγέννητο, θνητό και αθάνατο, λόγος και αιωνιότητα, πατέρας και γιος, θείο και δίκαιο». Κι έτσι ο θεός του Hράκλειτου είναι η ίδια η Φύση και όχι ένα ον υπερφυσικό και υπερβατικό: «O θεός είναι ημέρα και νύχτα, χειμώνας και θέρος, πόλεμος και ειρήνη, κόρος και λιμός. Μεταμορφώνεται όπως η φωτιά, που όταν ανακατεύεται με αρώματα παίρνει διάφορα ονόματα, κατά τη μυρωδιά του καθενός». Ο ίδιος δεν γράφει, όσο είμαστε σε θέση να ξέρουμε φυσικά, το πολυθρύλητο «τα πάντα ρει», αλλά του το προσδίδουν επιγραμματικά οι μεταγενέστεροι στην οδύσσειά τους να τον καταλάβουν. Ήταν εξάλλου ο θεωρητικός της αδιάκοπης μεταβολής και έμοιαζε ταιριαστό να το έχει πει. Είπε όμως ότι κανείς δεν μπορεί να βουτήξει δύο φορές στο ίδιο ποτάμι, εφόσον το ποτάμι κυλά και η συνεχής ροή του το αλλάζει αδιάκοπα.
O Hράκλειτος δεν είναι εμπειριστής: «H φύση αγαπά να κρύβεται», μας λέει. Ο κόσμος δεν είναι παρά η σύνθεση των αντιθέτων και ο πόλεμος κυριαρχεί ως πατέρας και βασιλιάς όλων («πόλεμος πάντων μέν πατήρ εστι, πάντων δε βασιλεύς». Όλες οι αντιθέσεις όμως συνδέονται ταυτόχρονα σε μια σταθερή ενότητα, καθώς το αόρατο αυτό συνταίριασμα είναι πιο δυνατό από το φανερό («αρμονία αφανής φανερής κρείττων»). Τα πάντα γεννιούνται από την πάλη, την παγκόσμια και προαιώνια μάχη, και η δικαιοσύνη δεν είναι παρά αγώνας, αφού όλα τα πράγματα προκύπτουν από τον πόλεμο και την ανάγκη (αιτιότητα). Η παντοτινή αυτή αλλαγή δεν είναι όμως ούτε αυθαίρετη ούτε ανεξέλεγκτη, καθώς συντελείται σύμφωνα με ορισμένες αναλογίες και με μια διαδοχική σειρά που σταθερά μένει πάντοτε η ίδια. Ο ρυθμός του γίγνεσθαι του Ηράκλειτου είναι με σημερινούς όρους η νομοτέλεια της Φύσης, το μόνο πράγμα που φαίνεται να έχει διάρκεια και ουσιαστική σημασία. O Hράκλειτος τη χαρακτηρίζει ειμαρμένη, δίκη, λόγο του κόσμου. Κι έτσι μέσα στην αταξία του έχει τάξη και μέσα στο χάος καθολικούς νόμους, κάτι που παραγνώρισαν στον καιρό του. Κάπου 2.500 χρόνια αργότερα, τόσο ο Χέγκελ όσο και οι κλασικοί θεωρητικοί της διαλεκτικής θα ανακάλυπταν εκ νέου τον στρυφνό έλληνα φιλόσοφο που τέτοια κολοσσιαία τομή στη σκέψη άφησε ήδη από την εποχή του. Σε λιγότερο από δέκα χρόνια εξάλλου μετά τον θάνατό του θα γεννιόταν στην Αθήνα κάποιος Σωκράτης, που θα έχει δάσκαλο τον Κρατύλο. Ο οποίος ήταν φανατικός οπαδός του Ηράκλειτου, αυτού του αλαζονικού και υπεροπτικού πνεύματος που αρεσκόταν να εξαπολύει αινιγματικά ρητά που θύμιζαν χρησμούς παρά να αναπτύσσει μια συστηματική και αξιωματική σειρά επιχειρημάτων. Ο Ηράκλειτος εκφράζεται με αινίγματα, ομολογούσαν οι Έλληνες της εποχής του, κάνοντάς τη μέθοδο με την οποία επικοινωνούσε με τους άλλους να παραμοιάζει με τους χρησμούς του δελφικού μαντείου .